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科学家敦促结合化学探针资源以优化生物医学研究

一份新报告敦促生物医学研究人员在选择小分子化学探针来帮助回答他们的研究问题时,要考虑到其互补的优势和劣势,非常谨慎地使用在线网络资源。

科学家敦促结合化学探针资源以优化生物医学研究

在今天(星期四)在《未来医学化学》杂志上发表的“特别报告”中,伦敦癌症研究所的科学家对所有化学探针的公共可用资源进行了首次综合评估。

该报告强烈建议研究人员应避免使用一般的搜索引擎和供应商目录信息,而应使用两种在线资源-专家评论和计算大数据方法-以便就在生物医学研究中使用哪种化学探针做出最佳决策,以及还要避免选择错误的工具,这些工具可能导致错误的结论。

小分子化学探针是科学家广泛使用的重要工具,它们可以修饰(通常是抑制)分离的细胞或生物体中单个蛋白质的活性,从而确定其功能。化学探针也用于测试特定蛋白质在疾病(例如癌症)中的作用,并帮助验证该蛋白质是否为未来药物的靶标。

小分子探针为遗传技术提供了另一种方法,例如RNA干扰和CRISPR-实际上,化学和遗传方法在组合使用时非常互补且非常有效。

不幸的是,许多被称为化学探针的小分子化合物通常被广泛使用,它们对目标蛋白质的特异性不足,使用它们会产生错误的结果。一些化合物击中了一些额外的蛋白质靶标,而其他化合物击中了许多其他靶标。

迫切需要为生物医学科学家提供适当的信息,以便他们可以为实验选择最佳的化学探针,以帮助确保他们的研究结果可靠。

一个主要的挑战是,有关潜在化学探针的信息分散在许多不同的科学出版物和其他来源中,这使得科学家难以做出充分知情的选择-特别是如果研究人员不是化学生物学,药理学或药物发现专家的话。幸运的是,最近几年通过开发可公开获得的化学探针在线资源获得了帮助。

癌症研究所(ICR)的化学探针研究人员小组讨论了各种不同的网络资源,这些资源可提供指导化学工具选择的信息-发现它们都有自己的优势和局限性。他们为用户提供了有关如何导航这些资源以为研究人员的需求选择最佳的化学探针的用户友好建议。

该报告强调了提供化学探针专家撰写的评论的资源的价值。它特别强调了化学探针门户,化学生物学专家目前在此门户网站上针对181种感兴趣的蛋白质对192种化学探针进行评估,并就如何最佳使用它们提供建议。该门户网站还提供了大约200种其他不应再使用的小分子化合物的信息,即使其中许多过去可能已被广泛使用。

但是依赖专家同行评审的资源也有一些限制。例如,在化学探针门户网站上评估的大多数探针都作用于特定的蛋白质家族(激酶,G蛋白偶联受体,磷酸二酯酶,表观遗传蛋白质和BCL2家族成员),而许多其他蛋白质家族尚未涵盖。此外,要保持这些资源的最新状态并不是一件容易的事,因为它们依赖于自愿检查者的手动输入。正在针对这些问题进行更改,并对门户网站进行其他增强。

该报告还强调了利用大规模,定量计算分析提供客观评估化学探针的资源的有用性。它着重介绍了Probe Miner,这是一种基于Web的公共资源,由ICR研究团队于2017年在Wellcome的资助下启动。Probe Miner具有几个关键优势。它是客观的,数据驱动的,定量的并且非常全面的-基于作用于2300多种人类蛋白质的300,000多个小分子的生物活性数据。基础数据库会经常更新,以确保使用最新信息进行分析。

但是研究人员还警告说,这些计算系统可能会遗漏一些数据源和化学探针-并且对于缺乏化学生物学专业知识的生物学家,探针的排名可能难以解释。

该报告的结论是,在线资源的不断增加将改善高质量化学探针的选择,并增强生物医学研究的可靠性。委员会建议,应相互补充使用由专家审阅和计算数据驱动的补充资源,以确保就使用哪种化学工具做出最佳决定-并且这对于解决当前滥用化学物质的主要问题可能会大有帮助。生物医学和药物发现中的化学探针。

作者还承认,要使生物学家意识到可用资源并鼓励其使用,这是一个巨大的挑战。他们鼓励在报告中广泛传播建议,并鼓励研究人员,研究资助者,期刊和供应商采用,以提高生物医学研究的质量和健壮性。

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点击次数:更新时间2019-11-29【打印此页】??【关闭
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